Что делать организации на УСН, которая выставила покупателю счет-фактуру с НДС

Нет, декларацию по налогу на прибыль подавать не нужно. Уплата налога при УСН освобождает организацию налога на прибыль (п. 2 ст. 346.11 НК РФ).

Просто подайте пояснения в ИФНС по месту учета, что Вы выставили счет-фактуру и в связи с этим были вынуждены подать декларацию и уплатить НДС в бюджет.

Организация, применяющая УСН, может выставлять счета-фактуры при продаже товаров (работ, услуг), только если она является (п. 2 ст. 174.1, п. 2 ст. 346.11 НК РФ, Письмо Минфина от 25.06.2014 N 03-07-РЗ/30534):

• посредником (агентом или комиссионером);
• участником простого товарищества;
• доверительным управляющим.

В остальных случаях упрощенец не имеет права выставлять покупателям счета-фактуры с НДС. Если вы все же это сделали, то не позднее 25-го числа месяца, следующего за кварталом, в котором выставлен счет-фактура, вы должны сделать следующее (Письмо ФНС от 15.09.2016 N ЕД-4-15/17338).

1. Уплатить в бюджет всю сумму НДС, указанную в счете-фактуре. Поступила вам оплата от покупателя или нет — значения не имеет (пп. 1 п. 5 ст. 173, п. 4 ст. 174 НК РФ). Уменьшить сумму НДС, подлежащую уплате, на НДС, предъявленный вам поставщиками, нельзя.
2. Представить в ИФНС декларацию по НДС в электронном виде. В декларации должны быть (п. 5 ст. 174 НК РФ, п. п. 3, 51 Порядка заполнения декларации по НДС):

• титульный лист;
• разд. 1. В строке 030 этого раздела укажите сумму НДС по всем счетам-фактурам, выставленным вами за квартал. Строки 040 — 080 заполнять не надо;
• разд. 12. Этот раздел надо заполнить по каждому счету-фактуре, выставленному вами в течение квартала.

При получении от покупателя оплаты включите ее в доходы за вычетом НДС (п. 1 ст. 346.15 НК РФ, Письма Минфина от 21.04.2016 N 03-11-11/22923, от 25.12.2015 N 03-11-11/76394).