Возмещение расходов агента формирует себестоимость

В бухгалтерском учете в стоимость приобретенных МПЗ (товаров, сырья, материалов и инструментов) включаются все затраты (кроме «входного» НДС, который будет принят к вычету), которые понесла организация, чтобы МПЗ оказались на складе в состоянии, пригодном для использования по назначению (п. п. 5, 6 ПБУ 5/01):

• договорная цена МПЗ;
• транспортно-заготовительные расходы (ТЗР), в том числе таможенные пошлины, вознаграждение посреднику, стоимость доставки и страхования. Стоимость доставки можно не включать в стоимость товаров, а списывать в расходы на продажу, если такой порядок вы закрепили в бухгалтерской учетной политике (п. 13 ПБУ 5/01);
• затраты на предпродажную подготовку (для товаров). Например, стоимость покраски кузова автомобиля, предназначенного для продажи, поврежденного при транспортировке.

Такими затратами в данном случае являются: сумма, уплачиваемая в соответствии с договором продавцу товара; сумма возмещения расходов агента на оплату сертификации товара; агентское вознаграждение за оказание посреднических услуг; таможенные пошлины.

Для целей налогообложения как при ОСН, так и при УСН стоимость сырья, материалов и инструментов определяется так же, как в бухгалтерском учете (п. 2 ст. 254, пп. 5 п. 1, п. 2 ст. 346.16 НК РФ).

Т.е. возмещение расходов агента на сертификацию должно учитываться в себестоимости товара.